Als das Team der G.I. Joes um Captain Duke Hauser (Channing Tatum), dessen Kumpan und rechte Hand Roadblock (Dwayne The Rock Johnson), Lady Jaye (Adrienne Palicki) und Flint (D.J. Cotrona) aufbricht, um Atomwaffen aus der Hand von Terroristen zurückzuerobern, ahnen sie noch nicht, dass der amerikanische Präsident (Jonathan Pryce) durch den Cobra-Agenten Zartan (Arnold Vosloo) ersetzt wurde, der durch Nanobot-Technologie dessen Aussehen annahm. Zartan schiebt den Joes Landesverrat in die Schuhe, ernennt Cobra-Truppen zur neuen Eliteeinheit Amerikas und lässt das Team durch einen Hubschrauberangriff fast vollständig auslöschen.
