In naher Zukunft bringen unbekannte Lebensformen names Aragami Leid und Zerstörung über die Welt, und die Menschheit steht kurz vor ihrer endgültigen Vernichtung. Die letzte Hoffnung ruht auf in paar furchtlosen Individuen, die God Eater genannt werden. Sie haben als einzige die Fähigkeit die God Arcs zu führen, biomechanische Hybrid-Waffen der Firma Fenrir. Nur mit diesen können die Aragami bezwungen werden. Mit den Ashlands ist eine neue Bedrohung aufgetaucht: Asche-ähnliche Partikel haben viele Gebiete in unbewohnbare und feindselige Regionen umgewandelt. Die Wenigen, die diese verheerenden Ereignisse überlebt haben, waren gezwungen, unterirdische Basen zu errichten, welche Ports genannt werden.
