Die Mystery Inc. sucht nach dem Phantom-Virus, das die örtliche Universität terrorisiert. Dabei werden Scooby und die Gang mit dem Phantom-Virus in den Cyberspace gebeamt und landen in einem ihrer eigenen Videospiele! Dort müssen sie eine Reihe altbekannter und neuer Bösewichter abwehren und die Box mit Scooby-Snacks finden, die irgenwo in jedem Level versteckt ist. Im großen Showdown am Ende des Spieles gilt es, die Identität des Phantom-Virus zu lüften.
